Schon im Oktober wurde der Bericht über die Verwendung einer R markdown Vorlage für die kinetische Modellierung von Abbaudaten mit nichtlinearen 'mixed-effects models' (auch bekannt als hierarchische nichtlineare Modelle) vom Umweltbundesamt veröffentlicht. Dieser Report hilft Wissenschaftlern und/oder Beratern, die diesen Ansatz testen möchten, indem es die Verwendung des R …

Seit Anfang des Jahres arbeite ich bei Agroscope, dem Schweizer Kompetenzzentrum für Landwirtschaft, Ernährungswirtschaft und Umwelt. Dort bin ich nun in der Gruppe die sich mit der Wirkung und Bewertung von Pflanzenschutzmitteln beschäftigt, am Standort Wädenswil. Nach fast neun Jahren in denen ich formell gesehen alleine gearbeitet habe, freue ich …

A week ago I had the opportunity to give a presentation (slides/pdf) on the application of nonlinear mixed-effects models to degradation kinetics at SETAC Europe in Copenhagen. In case you find yourself wondering what these models are and why we are so enthusiastic about them, this presentation gives a …

Update 2023

As I am now employed with 80% of a full-time position at Agroscope, my capacity to do regulatory fate modelling is very limited.

Degradation kinetics

Evaluation of degradation study data:

• OECD 307: aerobic or anaerobic soil
• OECD 308: water/sediment
• OECD 309: surface water
• field dissipation trials
• Various …

I am very happy to be able to announce the publication of the article Taking Kinetic Evaluations of Degradation Data to the Next Level with Nonlinear Mixed-Effects Models. It originated from an investigation of model selection criteria commissioned by the German Federal Environment Agency. During the course of that work …

Mehr als 10 Jahre nach der Veröffentlichung der ersten Teile des R-Paketes 'mkin' freue ich mich nun, die Veröffentlichung von mkin Version 1.0 bekanntgeben zu können!

Die Versionsnummer soll darauf hindeuten dass das Paket erprobt und ausgereift ist. Signifikante Verbesserungen würden vermutlich einen neuen Ansatz erfordern.

Ich plane mkin …

Working on the application of nonlinear mixed-effects models to chemical degradation data, it became desirable to further speed up the solution of at least the most common degradation models used in the mkin package, simple first-order (SFO) decline of the parent compound coupled to SFO decline of a metabolite, or …

Introduction

Ever since I have read the refresher of Tjalling Jager on differential equations and likelihood functions, I have been irritated about the common way to express the likelihood of data following a normal distribution using the density function of the normal distribution. The statement that made me wonder was …

Der Artikel über den Vergleich von Softwarepaketen für die kinetische Auswertung von Abbaudaten ist nun veröffentlicht! Da die supporting information mit den numerischen Resultaten der Auswertungen der Testdatensätze die auf der Webseite der Zeitschrift publiziert wurde, als "Draft" gekennzeichnet ist, habe ich eine Version für die Publikation auf dieser Webseite …

This is a short note about reading tables from common office document formats into R.

xls and xlsx

After problems with large worksheets I have turned to using the readxl package.

require(readxl)
sheet_names <- excel_sheets("my_file.xls")
d <- read_excel("my_file.xls", sheet = 1, range = "A3:C7", col_names = TRUE)

docx

Recently …

Nachdem ich einige Projekte abschließen konnte, habe ich die Zeit gefunden, die Software auf diesem Web server (von Debian wheezy auf Debian jessie) zu aktualisieren, und diese Webseite neu zu gestalten.

Und nach dem Start ins neue Jahr ist nun auch die Übersetzung dieser Website ins Deutsche komplett.

Ich freue mich, in diesem kleinen blog-Beitrag mein neues 1-Mann-Unternehmen vorstellen zu können: Johannes Ranke, wissenschaftlicher Berater. In Fortsetzung meiner Aktivitäten an der Universität Bremen, bei Harlan Laboratories Ltd (ehemals RCC Ltd) und bis vor kurzem bei der Eurofins Regulatory AG in Rheinfelden (Schweiz) werde ich im Bereich der Risikoanalyse …